비타민 B12는 일부 식물에 소량 존재하며 또한 대부분 초식동물의 장내 미생물에 의하여 합성, 흡수된다. 그리고 먹이사슬을 따라 초식동물을 먹어 육식동물은 비타민 B12을 얻으며 인간도 거의 대부분의 비타민 B12를 육식을 통해 얻는다.
인체 내에서는 소장 종말부에서 위벽에서 생산되는 내인자(intrinsic factor) 무코단백의 존재 아래 흡수된다. 이후 대사 과정을 거쳐 담즙으로 하루에 2 ~ 5 마이크로그램(µg) 가량을 배설하는데, 소장에서 대부분 다시 흡수되는 장간순환(enterohepatic circulation)을 거치게 되며 이때 2 ~ 5µg 정도 재흡수가 된다. 개인 영양 상태와 비축량에 따라 재흡수량이 변하기 때문에 결핍이 심하면 재흡수율이 거의 100%에 육박한다. 물론 장관 외 손실(피부조직 탈락, 모발 손실 등등)은 막을 수 없어 결국은 섭취로 보충이 필요하다. 때문에 성인의 경우 비타민 B12 섭취를 매우 소량만 해도 위장관의 기능이 정상일 경우 수년, 체내 비축량이 많으면 20 ~ 30년 가까이 지나야 체내 비축량이 바닥 날 수 있다. 물론 이건 건강한 체내 비축량이 많은 성인 남성 기준이고 질병을 앓는 사람과 월경혈 손실이 있는 여성은 고갈에 도달하는 시간이 더 빠르다. 게다가 임산부와 성장기 어린이는 단기간에 B12가 고갈되어 증상이 나타난다. 때문에 어린이에게 비타민 B12 보충제를 병용 급여하지 않는 비건 식단 강요는 영양학적인 살인이다. 거기다 성장기에는 성인과 달리 10가지 아미노산이 필요하다.
