2020년부터 여러 이유로 국토교통부가 공언한 2023년 12월 개통이 불가하다는 의견이 제기되고 있었고, 결국 2023년 12월 원희룡 국토교통부장관과 국토부 관계자들이 시승한 수서~동탄 간 시운전 행사에서 2024년 4월 부분개통될 것임이 공인되었다.
가장 큰 원인은 영동대로 복합환승센터 설계 변경으로 인한 지연으로, 서울시에서 삼성역 개통은 2028년 4월에 할 예정이라고 밝혔다. 영동대로 복합환승센터는 2015년 계획된 것으로 원래 완공 예정 시점은 2021년이었으나, 박원순 서울시장의 지시로 돌연 공사계획이 대폭 변경되었고 기간과 예산이 크게 증가한 결과 2024년으로 일정이 밀렸다가, 다시 2027년으로 말이 바뀌더니, 감사원의 정기검사에서는 빨라봤자 2028년에 완공될 것이라는 결론이 났다. 또한 대폭 증가한 예산과 허가 문제로 정부와 서울시가 갈등을 빚고 있었다. 그러다가 2020년 박원순 서울시장이 사망할 무렵에 겨우 국토교통부와 서울시의 협의가 이루어졌고, 공사계획이 축소되었으며, 이듬해인 2021년 착공이 이루어지는 등 순조로운 계획 진행이 이루어지고 있다.
한편 GTX A선에 운행될 열차의 납품 일정 문제가 있다. 해당 열차는 2023년 중에 처음 공급되기 시작해 이듬해인 2024년에 전체 물량이 제작 및 완료된다고 한다. 거기에 시운전 절차를 거치게 되어 수개월의 시간이 더 필요하다. 노선 공사가 끝나고 곧바로 열차 투입을 가정한 것으로 현실 세계에서는 시운전 및 운영 체계 설립 등 운영 시운전 과정이 제대로 확립돼야 한다. 결국 실질적인 개통은 2025년 하반기 이후라고 생각하는 것이 속 편하다. 하지만 이것은 2023년 1월 기준으로 기우가 됐다. 지속적인 정부와 국토부의 빠른 개통 요구와 의지로 오히려 개통은 빠르게 앞당겨질 예정이다. 수서~동탄은 2024년 3월, 운정~서울역은 2024년 12월에 개통될 예정이다.
일각에서는 운정~서울역, 수서~동탄까지의 부분개통을 주장했다. 이는 기술적으로는 가능하기도 하고 차량구매도 일단은 양 쪽 구간이 별개로 이루어진 것을 이용하자는 근거가 있다.
부분 개통 사례는 수도권 전철 경의선에서 볼 수 있는데, 이는 효창역 인근에서 통과 반대 시위 및 홍대입구 인근의 지상 2복선 반대, 가좌역 지반침하 등의 문제로 디엠시~용산 구간이 한참 지연되자 시민단체와 여론의 질타로 원래 설계에 없던 X자 건넘선까지 공덕역에 추가해가면서 2012년에 공덕역까지의 중간개통을 했던 선례가 있다. 완전개통은 2년 뒤인 2014년에 이루어졌다. 그러나 일단 GTX는 2024년 안에 창릉역과 삼성역을 제외한 전 구간이 개통될 예정이다.
다만, 국토교통부는 영동대로 복합환승센터(삼성역) 완공 전에라도 임시통로를 마련해 환승을 할 수 있도록 하겠다는 입장이다.
2020년 10월, GTX-A노선 공사구간 중 서울시 종로구 당주동에 있는 광화문역 근처 5공구 환기구 공사구간에서 유적이 발견됐고, 문화재청은 유물 보존 명령을 내렸다. 이것을 옮기고 나서 공사를 재개하고 다시 가져올지 아니면 아예 다른곳에 옮겨야 할지 문제가 복잡해졌다. 유물보존 명령과 추가 유물 정밀 발굴이 결정되면 최소 2~6개월은 더 공사가 늦어진다. 현재는 정밀발굴은 완료됐고 문화재청에 보고서 제출 후 결과를 기다리는 중이라고 한다. 추가적인 태클이 걸리지 않는다면 4월 중으로 재개한다고 밝혔다. 지장을 받은 공정은 일부 환풍구 및 수직공이며 서울역 환승통로 등 무관한 공정은 유물발굴 기간에도 정상적으로 진행했다.
운정~삼성 구간 중 5공구 쪽에 녹이 슨 강섬유를 사용했다는 사실이 밝혀졌다. 시공사는 이 점에 대해서는 인정하나 구조 안전상에는 문제가 없다는 입장이다. 해당 위치는 서울역 인근 500m이다.
