유산균의 효능에 대한 연구와 일반 대중들의 관심이 높아지다 보니 무슨 만병통치약급으로 선전하는 과장광고도 있는데, 당연히 만병통치약은 아니다. 예를 들어 2017년 이후부턴 성인에게 위장관 질병 치료 관련해 프로바이오틱스를 처방할 경우 국민건강보험 처리가 안 되고 본인부담 해야 하는 약품으로 변경이 되었는데, 국민건강보험 적용이 안 되는 이유는 여러가지가 있겠지만 대부분은 안 써도 되는 것을 굳이 썼을 때 적용이 안 된다. 즉, 치료에 필요한 약이 아니라는 뜻이다.
또 유산균이 장내 유해세균에 관여하는 사항 외에 변비에 효과가 있다는 말은 점점 근거를 잃고 있는 추세이다. 변비 개선엔 유산균보다 섬유질(식이섬유)과 수분을 체내에 보충해주는 게 훨씬 중요하다. 참고로 식이섬유 등에 포함된 프리바이오틱스는 프로바이오틱스인 유산균의 활동 효율성을 높여 장내 유익균을 유산균만 먹었을때보다 더 많이 늘려주기 때문에 같이 복용하면 좋다고 한다. 아예 둘을 합쳐서 신바이오틱스라는 용어도 쓰는 모양. 이미 유산균 제품에 같이 포함되어있는 경우도 많다. 다만 이런 제품에 포함된건 변비에 효과가 있는 불용성이 아닌 수용성 식이섬유가 많다.
유산균이 면역결핍자에게 패혈증을 일으킬 수 있다. 패혈증의 증상으로 고열, 심박 수 증가, 저혈압, 어지럼증, 집중력 저하, 구토, 수포등의 증상이 나타나면 즉시 섭취를 중단해야하고, 흔한 부작용으로 여드름, 건선과 같은 알러지반응 도 일으킬 수 있다.
